Diagnostiek op basis van eiwit identificatie

Wetenschappers van de TU Delft hebben een nieuwe techniek ontwikkeld om eiwitten te identificeren. Hiermee kunnen mechanismen achter ziekten worden blootgelegd en daardoor diagnoses eerder gesteld.

Massaspectrometrie is de gangbare techniek voor identificatie van eiwitten. Hierbij worden eiwitten eerst gefragmenteerd tot peptiden, die vervolgens worden geanalyseerd. Via computertechnieken wordt uit deze fragmentanalyse weer het hele eiwit gereconstrueerd. De Delftse onderzoekers ontwikkelden een eenvoudiger methode, waarbij slechts een deel van de aminozuren ―de bouwstenen van een eiwit― bekend hoeft te zijn.

Omdat elk eiwit een unieke structuur en aminozuursamenstelling (vingerafdruk) heeft, biedt kennis van een deel van de aminozuren voldoende informatie om eiwitten te identificeren met behulp van een databank. De Delftenaren ontwikkelden een speciale techniek, zogeheten FRET X, om snel en met grote precisie een deel van de aminozuren te identificeren. Vergelijking van deze aminozuren met bekende eiwitstructuren in de databank levert de identiteit van het eiwit op.

Met de nieuwe techniek blijkt het mogelijk om onbekende eiwitten te identificeren in een mengsel van vele andere moleculen. De onderzoekers toonden aan dat op deze manier kenmerkende eiwitten kunnen worden gedetecteerd voor de ziekte van Parkinson of voor een COVID-19 infectie. Hoewel het onderzoek veelbelovend is, moet voor grootschalige toepassing de techniek nog verder worden ontwikkeld. Er wordt al gewerkt aan een startup om van FRET X een platform te maken voor gevoelige en betrouwbare eiwit identificatie.

Voor bron klik hier