Bacteriofagen (kortweg fagen) werden ongeveer tegelijk met antibiotica ontdekt. Ze doden bacteriën op een andere manier dan antibiotica. Antibiotica zijn werkzaam tegen meerdere bacteriesoorten tegelijkertijd, terwijl een faag heel specifiek werkt tegen één type bacterie. Het voordeel van fagen hierbij is dat ze nuttige bacteriën in het lichaam met rust laten. Ze hebben echter als belangrijk nadeel dat eerst de ziekmakende bacterie moet worden geïdentificeerd en vermeerderd voordat de behandeling kan beginnen: men moet immers voor elke bacterie  een bijpassende faag of fagen zoeken. En dat kan enkele dagen duren. Om deze praktische redenen is het gebruik van fagen in het Westen op de achtergrond geraakt.

De kennis over de precieze werking van fagen bij behandeling van infecties is nog beperkt. Het is niet voldoende bekend hoe ze zich gedragen in en op het lichaam, hoe en hoe lang ze gedoseerd moeten, en wat de risico’s zijn. Door het tijdrovende en complexe bereidingsproces zijn fagen niet geschikt om acute infecties te behandelen. Mogelijk kunnen ze wel werken bij chronische bacteriële infecties,  met name bij infecties aan de lichaamsoppervlakten zoals huid, keel en darmen. Om vragen over zulke toepassingen en de meerwaarde daarvan te beantwoorden is klinisch onderzoek noodzakelijk.