Als mogelijke biomarkers onderzocht zij het eiwit NrCAM, een complex van de eiwitten amyloid-β en apolipoproteïne E, en een aantal microRNAs. Concentraties van het eiwit NrCAM en van het amyloid-β / apolipoproteïne E complex bleken vergelijkbaar bij patiënten met verschillende dementieën en waren dus niet geschikt als biomarker. Het onderzoeken van microRNAs is een nieuwe aanpak voor het vinden van biomarkers in hersenvocht van patiënten met Alzheimer. Eén microRNA, miR-146a, was verlaagd in het hersenvocht van alzheimerpatiënten en verdient het om verder onderzocht te worden als potentiële biomarker. Mareike Müller ontdekte dat het meten van microRNA concentraties in hersenvocht door veel factoren beïnvloedt wordt. Dit is belangrijke kennis voor gestandaardiseerde analyse en vervolgstudies.